Das Therapeutische Heim Sankt Joseph („Josephsheim“) wurde 1911 als Erziehungsheim für Mädchen gegründet.
Nach der Zerstörung 1945 wurde die Einrichtung 1952 wieder aufgebaut und um eine psychotherapeutisch-heilpädagogische Abteilung für Kinder erweitert. 1953 kam Dr. Peter Flosdorf als Psychologe in diese neu gegründete Station. Damit war die Grundlage für die konzeptionelle und räumliche Entwicklung zur therapeutischen Einrichtung gelegt. Dr. Peter Flosdorf hat in den folgenden Jahren die Entwicklung des Heimes und darüber hinaus die Entwicklung der Jugendhilfe und der Ausbildung der Heilpädagog:innen wesentlich geprägt. Aus der stationären Arbeit entwickelten sich unterschiedliche Angebote wie die Erziehungsberatungsstelle, das Heilpädagogische Seminar und die trägereigene Schule (Elisabeth-Weber-Schule, Förderschwerpunkt emotionale und soziale Entwicklung).
1970 wurde auch die Erziehungsabteilung "Mädchenstation" zu einer heilpädagogisch-psychotherapeutischen Station, womit die Überführung aller Gruppen in therapeutische Gruppen realisiert war.
1977 konnte ein mit Hilfe des Bayerischen Sozialministeriums für Arbeit und Sozialordnung gefördertes Projekt „Verhaltenstherapie in der Heimerziehung“ durchgeführt werden, ein weiterer zentraler Baustein der therapeutischen Ausrichtung.
Von 1978 - 1982 erfolgte ein Erweiterungsbau der Einrichtung, in dem die räumlich-konzeptionellen Rahmenbedingungen für die Therapeutische Heimerziehung umgesetzt wurden. Das durch Dr. Peter Flosdorf zusammen mit dem Bayerischen Sozialministerum entwickelte Konzept der Überregionalen Beratungs- und Behandlungszentren konnte realisiert werden.
1992 wurde Dr. Peter Flosdorf in den Ruhestand verabschiedet, die Leitung übernahm Harald Patzelt.
1998 wurde eine feste Konsiliartätigkeit durch die Universitätsklinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie eingerichtet, womit die kinder- und jugendpsychiatrische Versorgung zum festen Behandlungsbaustein in das Gesamtkonzept integriert wurde.
Nach der Verabschiedung von Harald Patzelt 2003 in den Ruhestand übernahm Dr. Norbert Beck die Leitung der Einrichtung.
2013 begannen die Bauarbeiten für ein neues Wohngruppengebäude, ab 2014 erfolgt die Generalsanierung des Altbaus, die 2015 abgeschlossen wurde.
2016 und 2020 wurden wurde das Angebote des THSJ um je eine Betreute Wohngemeinschaft, 2022 um eine Therapeutische Außenwohngruppe für Jugendliche und junge Erwachsene erweitert.
2024 erfolgt eine Erweiterung um zwei heilpädagogische Gruppen am Standort Waldbüttelbrunn für Kinder/Jugenlendliche vom 4. bis zum 21. Lebenjahr.
