Das THSJ verpflichtet sich sowohl in seinen heilpädagogisch-therapeutischen Angeboten als auch in den strukturellen Rahmenbedingungen einer wissenschaftlichen Perspektive. Durch regelmäßige Fort- und Weiterbildungsangebote für die Mitarbeiter:innen sichert das THSJ eine kontinuilerliche fachliche Qualifikation. Ein besonderer Eckpfeiler beruflicher Reflexion ist die Möglichkeit der Einzel- und Teamsupervision durch einen festen Supervisor.
Bereits 2000 wurde eine Studie zur Untersuchung der Wirksamkeit heilpädagogisch-therapeutischer Hilfen im Therapeutischen Heim Sankt Joseph durchgeführt (Würzburger Jugendhilfe-Effektestudie WJE). Das THSJ war beteiligt an der Studie "Effekte ausgewählter Formen der Erziehungshilfe (innerhalb und außerhalb der Familie) bei verhaltensauffälligen Kindern“ (abgekürzt „Jugendhilfe-Effekte-Studie (JES)).
Seit einigen Jahren erfolgt eine kontinuierliche Begleitevaluation der Maßnahme (WÜrzburger STudie zur Evaluation: WÜSTE).
Die fachliche Expertise der Einrichtung findet in einer Reihe von Veöffentlichungen seinen Niederschlag.
Beck N. (Hg.) (2020): Therapeutische Heimerziehung. Grundlagen, Rahmenbedingungen, Methoden. Lambertus-Verlag. Freiburg im Breisgau. ISBN 978-3-7841-3234-1